前作のサイバトロン総司令官コンボイに代わり、若き総司令官「ロディマスコンボイ」が、凶悪に生まれ変わったデストロン新破壊大帝「ガルバトロン」との更にスケールアップした苦闘を展開します。トランスフォーマー誕生の秘密も本作にて語られます！